Była własnością prywatną należącą do lokalnej szlachty wielkopolskiej: Czarnkowskich oraz Zawadzkich. W 1393 dziedzina Czarkowo była przedmiotem sporu sądowego wójta miasta Śremu Dobrogosta z Katarzyną Sławską. W 1420 sąd ziemski nakazał Czewlejowi, niegdyś Łęckiemu, złożyć przysięgę wraz z dwoma szlachcicami, że kopiec narożny pomiędzy Łęką Wielką, a Czarkowem wyznaczony jest prawidłowo według ustalonego prawa. W latach 1395–1428 właścicielem wsi był Gniewosz Czarnkowski z Czarkowa, którego odnotowało kilka dokumentów sądowych kiedy toczył spory o majętności z sąsiadami.
W 1498 wdowa po Janie Czarnkowskim Małgorzata wysyła ze swoich majętności wiennych, w tym z Czarkowa) na wojnę polsko-turecką swojego sługę, który ma służyć u boku szlachcica Mikołaja Zawadzkiego. W 1510 połowa wsi należy do pani Małgorzaty Czarnkowskiej, a druga połowa do pana Mikołaja Zawadzkiego. W 1530 w Czarkowie miał miejsce pobór z 5 łanów. W 1563 pobrano podatki z części Jakuba Czarnkowskiego (alias Skórzewskiego) liczącej 1 i 1/4 łana oraz połowę kwarty, a także od jednej karczmy i trzech komorników. Z części Marcina Zawadzkiego pobrano natomiast z 3,5 łana i od dwóch rzemieślników. W 1580 odbył się pobór z 6 i 3/4 łana, 4 zagrodników, rzemieślnika i wiatraka znajdującego się w dzierżawie dorocznej.