Pod względem administracyjnym wieś zlokalizowana jest w województwie małopolskim, w powiecie krakowskim, w gminie Zielonki, w jej południowo-wschodniej części, około 7,5 km w linii prostej na północny wschód od centrum Krakowa. Graniczy z następującymi jednostkami: miejscowościami Książniczki i Kończyce (gmina Michałowice) od północnego wschodu, miejscowością Raciborowice (gmina Michałowice) od wschodu, miejscowością Batowice (gmina Zielonki) od południowego wschodu, Dzielnicą XV Mistrzejowice miasta Kraków od południa, miejscowością Węgrzce (gmina Zielonki) od zachodu, miejscowością Bosutów (gmina Zielonki) od północnego zachodu.
Biorąc pod uwagę powierzchnię wynoszącą 251,76 haGranice miejscowości pokrywają się z granicami sołectwa. Dziekanowice są piątą co do wielkości miejscowością w gminie Zielonki obejmującą 5,18% powierzchni gminy.
Najwyżej położony obszar wsi znajduje się na jej północno-zachodnim skraju (przy granicy z Bosutowem) na wysokości około 291 m n.p.m., najniższy w części wschodniej (w okolicy ul. Kwiatowej), na wysokości około 218 m n.p.m.