W ciągu następnych stuleci Szkoci zdobyli przewagę w potyczkach z wojskami angielskimi i w XV wieku król Szkocji Jakub IV zdecydował o przeniesieniu stolicy kraju ze Stirling do Holyrood, przez co Edynburg stał się faktycznie stolicą Szkocji.

W czasach szkockiej monarchii miasto rozwijało się pod względem gospodarczym i kulturalnym. W 1603 król Szkocji Jakub VI jako pierwszy z dynastii Stuartów koronował się na króla Anglii, łącząc Anglię i Szkocję unią personalną. W tym samym roku założył Szkocki Parlament, który wkrótce utworzył swoją siedzibę na głównej ulicy Edynburga Royal Mile. W dawnym budynku pierwszego szkockiego parlamentu znajduje się obecnie Sąd Najwyższy Szkocji. W 1639 próba narzucenia Szkocji wyznania anglikańskiego wywołała zamieszki w Edynburgu, które rozwinęły się w bunt całego kraju, prowadzący w konsekwencji do Angielskiej Wojny Domowej. Po rozbiciu wojsk szkockich przez Olivera Cromwella Edynburg został zajęty przez Anglików.