Hydrobiologia uwzględnia warunki abiotyczne, jak i biotyczne. Obejmuje kilka dyscyplin podstawowych, takich jak: hydrochemia, hydrobotanika, algologia), hydrozoologia.

Wyróżnia się też w jej obrębie węższe dyscypliny, głównie o charakterze stosowanym: hydrobiologię rybacką hydrobiologię techniczną – zajmuje się ochroną urządzeń technicznych i problematyką oczyszczania ścieków hydrobiologię sanitarną – zajmuje się aspektami zdrowotnymi trofologię wód – zajmuje się problematyką żyzności zbiorników wodnych (patrz trofizm)

Hydrobiologia jako nauka ma charakter ekologiczny – opisuje relacje i zależności między organizmami a różnymi czynnikami środowiska. Posługuje się przy tym szerokim wachlarzem metod badawczych, zapożyczonych z botaniki, zoologii, mikrobiologii, chemii i fizyki, a zwłaszcza w ostatnim czasie – także w coraz większym zakresie z matematyki (zaawansowana analiza statystyczna). Hydrobiologia dostarcza także modeli stosowanych w ekologii ogólnej, np. dotyczących populacjologii, produktywności ekosystemów, etologii, bioróżnorodności.

Stowarzyszenia hydrobiologów Międzynarodowym stowarzyszeniem zrzeszającym hydrobiologów jest Societas Internationalis Limnologiae.