W roku 1494 miasto zostało zniszczone przez pożar. Zniszczeniu uległ także kościół pw. Św. Andrzeja. Odbudowę tego kościoła prowadził opat Piotr w latach 1494–1505. Po odbudowie Jeżów należał do grona najpiękniejszych miasteczek Polski. Gościł tu król Zygmunt I Stary (4 czerwca 1513 r.) i jego syn Zygmunt II August (10 maja 1552 r.).
Upadek Jeżowa W czasie „potopu szwedzkiego” (1655–1657) miasto zostało dwukrotnie doszczętnie złupione i zniszczone (po raz pierwszy w kwietniu 1655, po raz drugi w czerwcu 1657 r.). Po raz trzeci miasto dotkliwie ucierpiało podczas rokoszu Lubomirskiego w r. 1665, kiedy dokonano gwałtu na mieszczanach Jeżowa. Dwa lata później (1667) Jeżów (pomijając zakonników) liczył tylko 33 mieszkańców. Dla upamiętnienia pomordowanych i zmarłych podczas zarazy w drugiej połowie XVII w. wzniesiono kościół cmentarny pod wezwaniem św. Leonarda. Mimo usilnych starań prepozytorów jeżowskich miasto odbudowywało się wolno. W roku 1777 Jeżów posiadał 91 domów mieszkalnych i 546 mieszkańców i miał prawo do 4 jarmarków. W roku następnym król Stanisław August Poniatowski dodał do istniejących cztery nowe jarmarki.