Po raz pierwszy nazwa Kamionka Mała pojawiła się w roku 1842 w Schematyzmie Diecezji Tarnowskiej, wcześniej wieś nazywana była po prostu Kamionką.
Kamionka istnieje od XIV wieku, o czym świadczy fakt, że parafia w tej miejscowości wymieniona została w Spisie Świętoperza z 1373 roku, jako należąca do rodu Szykowskich herbu Drużyna. Kolejna wzmianka o wsi znajduje się w Liber Beneficjorum Jana Długosza z roku 1470, gdzie wymieniona została ona jako własność klarysek ze Starego Sącza. W 1782 roku w wyniku konfiskaty dóbr zakonnych Kamionka stała się własnością rządu austriackiego.
W roku 1833 wsie tzw. klucza strzeszyckiego, w tym Kamionka, zostały sprzedane baronowi Brunickiemu z Pisarzowej, którego własnością pozostawały aż do uwłaszczenia w 1848 roku. Mieszkańcy natychmiast po uwłaszczeniu podjęli decyzję o odnowie XVIII-wiecznego kościółka, co ostatecznie zaowocowało ponownym ustanowieniem parafii we wsi. W roku 1853 otwarto tu pierwszą szkołę.
W czasie I wojny światowej doszło do licznych potyczek między wojskami rosyjskimi i austriackimi. Na wzgórzu Jastrząbka znajduje się cmentarz i kaplica.
W roku 1997 w wyniku wielkiej powodzi na terenie wsi odnotowano liczne osuwiska.