W okresie wojny trzynastoletniej (1454-1466) wieś została doszczętnie zniszczona i w ciągu niemal całego stulecia były tu pustki.
Ponowna lokacja wsi nastąpiła 24 czerwca 1536 r., kiedy to starosta Szestna Wolf von Hennicke zapisał dotychczasowemu sołtysowi Polskiej Wsi Janowi Koszotowskiemu (Jahnen Koschotowski) 40 włók (ok. 668 ha) w celu założenia wsi czynszowej Schwartzenburgk. Poza 4 włókami sołeckimi (za które zasadźca zapłacił 50 grzywien), z pozostałych włók miał być płacony czynsz po upływie 6 lat wolnizny. Danina czynszowa wynosiła jedna grzywnę, po ćwierci korca żyta i pszenicy oraz dwie kury od każdej włóki. Wśród powinności chłopskich wymienia się też obowiązek zwózki drewna dla browaru zamkowego w Szestnie oraz innej "tłoki", co najmniej dwa dni od każdej włóki rocznie. Osadnikom przysługiwało wolne rybołówstwo dla potrzeb własnych w jeziorach Kiersztanowskim i Juno. Według Kętrzyńskiego osadnikami byli wówczas Polacy i Niemcy. W 1593 r. sołtysem był Jan Kiersztanowski. Jesienią 1657 r. Kiersztanowo zostało spalone przez Tatarów, a ludność częściowo wymordowana (zginęły 24 osoby). W 1693 r. była tu już wyłącznie ludność polska, o czym świadczą imiona i nazwiska chłopów (m.in. Jan Siwy, Jan Lepek, Jan Bieńczyk, Jorek Nora, Jan Pecyna, Tomek Bąk), z których każdy miał dwułanowe gospodarstwo (po ok. 33 ha).