W związku z tym wypełniając wolę swojego ojca rozpoczął karierę świecką.
W 1548 roku został przyjęty na dwór królewski obejmując urząd sekretarza królewskiego, a od 1551 roku także podkomorzego poznańskiego. W tym samym roku zrzekł się jednak urzędu podkomorzego otrzymując poznańską prepozyturę. W latach 1552–1554 Zygmunt August wysłał go z misją dyplomatyczną do Rzymu. Po powrocie do kraju otrzymał godność kanonika krakowskiego i scholastyka łęczyckiego. W 1560 roku król ponownie wysłał go do Rzymu, gdzie dostarczył obediencję dla nowego papieża Piusa IV oraz uzyskał zgodę na przeniesienie biskupa chełmskiego Jakuba Uchańskiego, pomimo wcześniejszych podejrzeń o herezję, na tron kujawski. Sukces ten sprawił, że Zygmunt August wysłał go ponownie do Rzymu i Neapolu w sprawie dochodzenia roszczeń polskiego króla do spadku po królowej Bonie. Zadowolony monarcha wystarał się dla Konarskiego o tron biskupi w Poznaniu zwalniając go jednocześnie w 1562 roku ze służby królewskiej. Jako biskup poznański zapisał się jako gorący zwolennik kontrreformacji. Starał się o poprawę obyczajów kleru, sprowadził do Poznania jezuitów i doprowadził do założenia przez nich w mieście kolegium. W walce z reformacją nie ograniczał się wyłącznie do mieszczan.