nad łożem wisiała kopia obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej. Z chwilą wykupienia ciała z rąk tureckich, z polecenia wdowy przed obrazem nieustannie paliła się lampa.
Ostatecznie ciało hetmana złożono w krypcie kolegiaty pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny oraz św. Wawrzyńca Męczennika i Stanisława w rodzinnej Żółkwi. Na nagrobku umieszczono łaciński cytat Exoriare aliquis nostris ex ossibus ultor (pol. Powstanie kiedyś z kości naszych mściciel) pochodzący z Eneidy. Odzyskaną głowę hetmana pochowano pod głównym ołtarzem skąd została wykradziona, trafiła do Puław, a potem zaginęła. Latercynowa trumna hetmana została przetopiona na lichtarze, wobec czego ciało hetmana spoczywało w drewnianej trumnie. W 1905 podczas prac konserwatorskich odnaleziono trumny ze szczątkami hetmana, jego żony Reginy, syna Jana, Stanisława i Zofii Daniłowiczów, Jakuba Sobieskiego i Krzysztofa Żółkiewskiego. W tym samym roku ufundowano sarkofag, marmurową urnę na szczątki hetmana i płytę z brązu. W 1908 na rynku w Żółkwi odprawiono ponowny pogrzeb Stanisława Żółkiewskiego. Podczas uroczystości mszę św. odprawił bp. Józef Bilczewski, a kazanie wygłosił bp Władysław Bandurski.