Wieś należąca do Gdańskiej Wyżyny terytorium miasta Gdańska położona była w drugiej połowie XVI wieku w województwie pomorskimMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w.: rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 128..
Po 1772 Kowale zostały odłączone od Gdańska. Pod koniec XIX wieku Kowale były wsią włościańską, leżącą na bitym trakcie kościersko-gdańskim. W tym okresie mieszkało w Kowalach 152 ewangelików, 135 katolików, 7 gburów i 1 zagrodnik. Wieś należała do parafii w Świętym Wojciechu, szkoły w Bąkowie, a poczty w Gdańsku.
thumb|left|242px|Kowale, osiedle Olimp thumb|242px|Centrum Kowale W roku 1942 dokonano zmiany niemieckiej nazwy Kowall na SchmiedeMaciej Stąporek „Porównaj Trójmiasto dzisiejsze i przedwojenne”.. W latach 1945–1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa gdańskiego.
Na obszarze Kowal od końca lat 90. XX wieku powstały nowe osiedla mieszkaniowe, m.in. osiedle Olimp. W latach 1994–1995 w Kowalach wybudowano kaplicę pod wezwaniem świętej Faustyny. 24 lipca 2000 r. utworzono na terenie wsi parafię pod wezwaniem świętej Kingi. 18 września 2006 r. rozpoczęto budowę kościoła, w którym od 20 maja 2012 r.