Istnienie tego podgatunku nie jest jednak pewne, ponieważ został on opisany na podstawie fragmentu mózgoczaszki jednego dorosłego samca.

Wyróżniany podgatunek żubr kaukaski (B. b. caucasicus) jest przez część autorów na podstawie danych genetycznych uznawany za odrębny gatunek.

Żubr Bos bonasus jest jedynym gatunkiem ze swojego rodzaju zasiedlającym Europę w okresie holocenu. We wcześniejszych okresach, począwszy od wczesnego plejstocenu, na tym terenie pojawiały się wymarłe obecnie formy, uznawane za odrębne gatunki, m.in. B. priscus, B. schoetensacki B. voigtstedtensis i B. tamanensis. Przynajmniej część z nich należała do linii rozwojowej, z której wyłonił się dzisiejszy B. bonasus. Początkowo uważano, że jego bezpośrednim poprzednikiem był niewielki leśny gatunek B. schoetensacki, możliwe jednak, że gatunek powstał na skutek karłowacenia zasiedlającego zimne stepy żubra pierwotnego B. priscus.

18 października 2016 r. ukazały się w „Nature Communications” wyniki badań kopalnego DNA żubrów, prowadzone przez zespół pod kierunkiem Juliena Soubriera i Alana Coopera, z których wynika, że żubr jest produktem krzyżówki żubra pierwotnego i tura, do której doszło 120 tys. lat temu.