Historia thumb|250px|Chata z Lipnicy Wielkiej, znajdująca się w Sądeckim Parku Etnograficznym thumb|250px|Wozownia z Lipnicy Wielkiej, Sądecki Park Etnograficzny Jest to największa wieś w tej okolicy. Najwcześniejszy dokument dotyczący wsi pochodzi z dnia 20 września 1359 roku. W tym dniu król Kazimierz Wielki wydał we Wschowie (Wielkopolska) przywilej fundacyjny kościoła parafialnego w Lipnicy Wielkiej pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny.
Nazwa wsi, a właściwie drugi człon nazwy ulegał kilkakrotnym zmianom. Nazywano ją bowiem Niemiecką lub Wielką. Oba człony miały prawne i geograficzne uzasadnienie. Określenie "Wielka" powstało od rozległości wsi – wieś posiadała 12,5 łana roli opodatkowanej czyli około 375 morgów, podczas gdy sąsiedni Bukowiec posiadał dwa łany, Łyczana 2,5 łana, Januszowa 3 łany, Korzenna 5 łanów. Człon "Niemiecka" powstał od rodzaju prawa zwanego niemieckim lub magdeburskim, na którym opierał się ustrój prawny wsi szlacheckich i nie ma nic wspólnego z Niemcami, którzy się tutaj nigdy nie osiedlali. W dokumencie braci Mikołaja i Klemensa z Jasiennej z dnia 16 grudnia 1378 roku w sprawie złagodzenia sporów sąsiedzkich nazwano ją też Lipnicą Nową. Natomiast Długosz nazwał ją około roku 1470 Lipnicą Wielką.