Działalność ludowców przerwała wojna, która wybuchła 1 września 1939 roku. Społeczeństwo Lipnicy Wielkiej przyjęło tę wiadomość z wielkim niepokojem. Już 2 września w Spółdzielni Spożywców "Przyszłość" w Lipnicy Wielkiej dokonano kontrolnego spisu towarów, by co wartościowsze rozdać na przechowanie członkom zarządu i rady nadzorczej. Wielu mieszkańców zostało zmobilizowanych. Ludzie żyli w panice. W wielu domach słuchano nadawanych przez radio wiadomości. Zorganizowana została Samoobrona Obywatelska. Niemcy urządzali często łapanki, których celem było chwytanie młodych ludzi i wysyłanie ich na roboty do Rzeszy. Miejscowa ludność wiele wycierpiała w czasie okupacji hitlerowskiej. Ponosiła także straty w ludności. Kilku mieszkańców zginęło w obozach koncentracyjnych, inni przeszli piekło więzień. Wyzwolenie Lipnicy Wielkiej nastąpiło dnia 17 stycznia 1945 roku. Tego dnia do wsi wkroczyły wojska radzieckie. Były to jednostki 38 armii dowodzonej przez generała płk. Kiryłła Moskalenkę. Radość z wyzwolenia wsi i zakończenia wojny mobilizowały ludzi do działania. Pierwszym sołtysem w wyzwolonej wsi w roku 1945 został wybrany Antoni Kiełbasa. Nastąpiło ożywienie życia społecznego i gospodarczego. Przystąpiono do realizacji reformy rolnej, która na terenie Sądecczyzny przebiegała dość sprawnie.