W I połowie XIX wieku w Lipnikach istniała szkoła elementarna, co pośrednio wynika z ksiąg parafialnych: zapis z 27 lutego 1844 o śmierci w wieku 23 lat nauczyciela lipnickiej szkoły – Antoniego Madrakowskiego. Późniejsze zapisy o innych nauczycielach to: Andrzej Dąbrowski (zm. 1852), Kazimierz Kurpiewski (zm. 1865). Analiza ksiąg parafialnych wskazuje, że większość mieszkańców Lipnik potrafiła się podpisać.
Wiadomo też, że przed 1865 utworzono szkoły rządowe w Myszyńcu, Kadzidle i właśnie w Lipnikach – pierwsze trzy na Kurpiowszczyźnie.
Pod koniec XIX wieku w Lipnikach w 164 domostwach mieszkało 994 osób. Miejscowość leżała na terenie powiatu kolneńskiego. Na terenie Lipnik oprócz Polaków mieszkała znaczna liczba Żydów, Niemców, a także Litwinów, Rusinów i Rosjan.
15 maja 1905 w Warszawie podpisano statut Polskiej Macierzy Szkolnej. W okręgu ostrołęckim PMS zawiązała się 1 maja 1907 i obejmowała powiat ostrołęcki oraz część makowskiego i kolneńskiego. Z 12 kół w tym okręgu trzy były zorganizowane w regionie kurpiowskim: w Myszyńcu, Czarni i Lipnikach.
W 1914 wybuchła I wojna światowa. Przez Lipniki przez krótki okres przebiegał front i toczyły się działania wojenne.