Po powrocie do Czech przyjął święcenia kapłańskie z rąk praskiego biskupa Thietmara. Po śmierci biskupa przeżył przemianę duchową i porzucił życie rycerza. Kapituła zaproponowała kandydaturę Wojciecha na wakującą diecezję, a on sam udał się do Werony, aby spotkać się z Ottonem II. Cesarz zatwierdził jego wybór, a sakry biskupiej udzielił arcybiskup Moguncji Willigis. W 983 roku Wojciech objął kanonicznie diecezję. Podjął się reorganizacji dochodów biskupstwa, dzieląc je na cztery części, z czego najmniejszą zachował dla siebie. Ponadto chciał zrealizować trzy cele: zwalczyć wielożeństwo, promować celibat duchownych i zlikwidować handel niewolnikami. Ponieważ w tej ostatniej kwestii istniał duży opór społeczny, postanowił opuścić Pragę i udać się do Rzymu. Spotkał się tam z Janem XV i Teofano wdową po cesarzu, która wsparła jego pomysł podróży do Ziemi Świętej. Następnie Wojciech udał się do benedyktyńskiego klasztoru na Monte Cassino. Pomimo że mnisi odnosili się do niego z życzliwością, okazało się, że opat chciał wykorzystać Wojciecha do poświęcenia nowych kościołów. Wobec tego biskup opuścił klasztor, lecz niedługo potem spotkał Nila z Rossano, który przekonał go by nie jechał do Jerozolimy i wstąpił do klasztoru św. Bonifacego i Aleksego w Rzymie. Pozostawał tam od 990 do 992 roku.