W 1464 Kazimierz IV Jagiellończyk na prośbę kapituły przeniósł wieś z prawa polskiego na magdeburskie, wytyczono centrum zabudowy o układzie nawsiowym (z zagrodami po dwóch stronach wydłużonego placu), zlokalizowane nad Serafą, w rejonie obecnej ulicy Lipowskiego oraz niwowy rozłóg pól. thumb|220px|Kościół w Bieżanowie w 1937...thumb|220px|...w 1939...thumb|220px|...i w 2006 r. W 1636 r. za sprawą kanonika J. Foxa wzniesiono zachowany do dziś kościół (w ołtarzu głównym XVII-wieczny obraz Madonny, zwanej obecnie „Kolejarską Panią”). W 1656 r. obozowały we wsi oddziały Marszałka Wielkiego Koronnego Jerzego Lubomirskiego. W 1772 roku w wyniku I rozbioru Polski Bieżanów przeszedł w ręce Austriaków. Od 1778 do około 1910 roku Bieżanów był własnością prywatną (dzierżawa). W 1807 roku powstał cmentarz parafialny (obecna ul. Mała Góra). Po zniesieniu pańszczyzny przez Austriaków (1848 r.) na Małej i Dużej Górze wydzielono łany, które otrzymali chłopi. W 1856 roku ukończono przebiegającą przez Bieżanów linię kolejową z Krakowa do Dębicy, a rok później otwarto linię z Bieżanowa do Wieliczki.