Bieżanów Nowy leży na wysokości od około 202 m n.p.m. na północnych jego obrzeżach (ul. Bieżanowska) do ponad 231 m n.p.m. na południowych krańcach (kulminacja wzniesienia w widłach ulic Aleksandry i Mała Góra). Następnie wzniesienie to stromo opada do doliny potoku Malinówka w okolicy ul. Wielickiej (blisko 20-metrowy spadek do poziomu blisko 210 m n.p.m.). Tak więc na linii N–S wysokość n.p.m. rośnie ku południu. Na zachód od ciągu ulic Aleksandry i Telimeny zauważalne jest obniżenie terenu (około 10 m do poziomu 210 m n.p.m.) związane z dolinką małego bezimiennego strumyka płynącego z okolic osiedla Rżąka w kierunku ul. Bieżanowskiej. Na wschód od osiedla, w kierunku Starego Bieżanowa, nie wyróżnia się żadna struktura geomorfologiczna, a wysokość bezwzględna nie ulega większym zmianom.
Geologicznie Bieżanów leży na plioceńsko–mioceńskich iłach i żwirach a gleby dominujące to powstałe z utworów lessowatych gleby płowe i brunatne.
Teren osiedla pozbawiony jest cieków wodnych, a jedynie na jego granicach występują niewielkie cieki (potok Malinówka oraz bezimienny strumyk oddzielający osiedle Bieżanów Nowy od Nowego Prokocimia).