W 1403 biskup poznański Wojciech Jastrzębiec przeznaczył różne dziesięciny, m.in. z Młynkowa, dla wikariuszy katedry poznańskiej, a 1406 papież Grzegorz XII zatwierdził tę darowiznę. W tym samym roku odnotowano proces sądowy Świętochny z Brzeźna z sędzią poznańskim Mikołajem Czarnkowskim. Sołtys oraz ławnicy z Brzeźna zeznali, że kobieta pochodząca z Młynkowa powierzyła mu swą sprawę w sądzie.
W 1432 Jan oraz Kasper Czarnkowscy zawarli ugodę majątkową odnośnie dóbr czarnkowskich, według której Kasper miał zrezygnować z połowy Młynkowa na rzecz Jana. W 1435 Jan Czarnkowski sprzedał wieś Młynkowo z zastrzeżeniem prawa odkupu Gotardowi Dołędze z Pomorzan za 170 grzywien, a Dołęga zapisał na wsi swojej żonie Katarzynie 40 grzywien posagu oraz 60 grzywien wiana. Właścicielami wsi byli: w 1466 podkomorzy poznański Jan Czarnkowski, w latach 1476-1484 kasztelan santocki Sędziwój Czarnkowski, w 1486 syn Sędziwoja Jan Czarnkowski, w latach 1506-1507 synowie Sędziwoje Maciej i Sędziwój Czarnkowscy. W 1557 Stanisław Czarnkowski syn Macieja otrzymał m.in. części Młynkowa w podziale majątkowym jaki się odbył między braćmi Czarnkowskimi.