Nakło leżało na podmokłym terenie, czego odzwierciedleniem była nazwa miejscowości poświadczana w dokumentach: „Nakyel”, „Nakiel”, „Nackel”. Według historyków oznacza ona „miejsce przy wodzie”. W średniowieczu i początkach czasów nowożytnych rozwój miejscowości był związany z położeniem na trakcie handlowym prowadzącym do Krakowa. Dowodem jego handlowego znaczenia miało być nawet wezwanie miejscowego kościoła św. Mikołaja, patrona kupców, oraz odbywające się tutaj w każdy czwartek targi. Data lokacji miejscowości jest trudna do ustalenia, ale najbardziej prawdopodobne jest, że miało to miejsce za czasów panowania Augusta III w 1752 roku. Od tego czasu miejscowość zmieniła nazwę z „Nakiel” na „Nakło”.
W 1825 roku Nakło utraciło prawa miejskie.
W 1855 roku miasto nawiedziła epidemia cholery, podczas której było tak dużo zmarłych, że ich grzebanie odbywało się na specjalnie do tego celu utworzonym cmentarzu. Po II wojnie światowej teren cmentarza decyzją ówczesnych władz został zalesiony.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Nakło. W latach 1975–1998 wieś należała administracyjnie do województwa częstochowskiego.