Zmienność zasięgu lądolodu w poszczególnych stadiach zlodowacenia, przyczyniła się do istotnego zróżnicowania krajobrazowego północnej i południowej części niziny. Formy utworzone w wyniku działalności lodowców, zwłaszcza w południowej i wschodniej części Niziny Mazowieckiej, uległy znacznej denudacji w warunkach klimatu peryglacjalnego. Panował on tu w okresie zlodowacenia bałtyckiego. Nowymi, peryglacjalnymi formami rzeźby są często spotykane doliny i niecki denudacyjne, powodujące porozcinanie zwartych dotąd ciągów morenowych. Taka struktura geologiczna tłumaczy obecność licznych studni artezyjskich.
Pod koniec zlodowacenia bałtyckiego i w chłodniejszych okresach holocenu wytworzone zostały kompleksy wydm parabolicznych. Większe nagromadzenia tych form występują w Kotlinie Warszawskiej, dolinie rzeki Radomki i Pilicy oraz na Równinie Kurpiowskiej, stanowiąc jeden z najbardziej charakterystycznych składników krajobrazów.
Gleby Gleby Niziny Mazowieckiej zalicza się w większości do mało urodzajnych. Na przeważającym obszarze występują bielice rozwinięte na piaskach, glinach oraz osadach zastoiskowych. Wyjątkiem są doliny rzek, gdzie miejscowo występują urodzajne mady rzeczne.