Tutaj niespodzianki już nie było, w Gnieźnie mimo dopingu ponad 15 tysięcy kibiców Mieszko przegrał 0:5, a w Warszawie uległ 1:5 (honorowa bramka autorstwa Tomasza Kurowskiego).
thumb|240px|Mecz z Polonią Leszno
W 1992 zespół z Gniezna opuścił szeregi III ligi. Po kilkuletniej walce w IV lidze w sezonie 1996/1997 drużyna spadła do klasy okręgowej. 14 stycznia 2000, klub zmienił nazwę na KS „Mieszko Faber” Gniezno. W klasie okręgowej zespół walczył do 2001 roku, kiedy to wygrał rozgrywki i awansował do IV ligi. Dodatkowo gnieźnianie w tym sezonie ustanowili rekord strzelecki zdobywając w 30 spotkaniach aż 108 goli. Jako beniaminek w sezonie 2001/02 drużyna zajęła wysokie 3 miejsce. W sezonie 2002/2003 Mieszko wygrał IV ligę. W barażach pokonał Astrę Krotoszyn i po ponad dziesięciu latach gnieźnieńska drużyna ponownie zagrała w III lidze.
W 2015 roku doszło do konsolidacji klubów piłkarskich w mieście Gnieźnie. Pod patronatem Prezydenta Miasta Gniezna Tomasza Budasza rozpoczął się nowy etap w historii klubu. Prezesem Mieszka został Maciej Ciesielski, dyrektorem sportowym Dawid Frąckowiak, a trenerem Mariusz Bekas.
17 czerwca 2018 po wygraniu dwumeczu barażowego z Victorią Września (zwycięstwa 2:1 i 4:1) zespół awansował do III ligi.