Baza kliniczna Szpitale kliniczne, w których WUM prowadzi działalność dydaktyczną oraz badania naukowe, to: Uniwersyteckie Centrum Kliniczne, w ramach którego prowadzone są zakłady lecznicze Centralny Szpital Kliniczny, przy ul. Banacha 1a, 02-097 Warszawa Przychodnia Specjalistyczna Banacha, przy ul. Banacha 1a, 02-097 Warszawa Dziecięcy Szpital Kliniczny im. Józefa Polikarpa Brudzińskiego w Warszawie, przy ul. Żwirki i Wigury 63A, 02-091 Warszawa Przychodnia Specjalistyczna dla Dzieci, przy ul. Żwirki i Wigury 63A, 02-091 Warszawa Szpital Kliniczny Dzieciątka Jezus, przy ul. W. H. Lindleya 4, 02-005 Warszawa Przychodnia Specjalistyczna Lindleya, przy ul. W. H. Lindleya 4, 02-005 Warszawa Uniwersyteckie Centrum Stomatologii, przy ul. Stanisława Binieckiego 6, 02-097 Warszawa Samodzielny Publiczny Kliniczny Szpital Okulistyczny przy ul. Sierakowskiego Szpital Kliniczny im. ks. Anny Mazowieckiej przy ul. Karowej
Uczelnia korzysta także ze szpitali zlokalizowanych w Warszawie i okolicach, w których znajdują się katedry, kliniki i zakłady.