Podczas drogi powrotnej John zostaje ponownie zaatakowany przez „potwora”, pod postacią czarnego dymu, jednak ratuje go Jack Shephard z pomocą przenoszonego przez siebie, w tajemnicy przed grupą, dynamitu. Zdobytym przez Locke’a i Kate dynamitem wysadzono właz.
Do środka weszła najpierw Kate, potem Locke, a później Jack. W środku spotkali Desmonda, który jak się potem okazało wpisywał co 108 minut liczby 4, 8, 15, 16, 23, 42 do komputera, a po jego ucieczce ta rola spadła na rozbitków. W schronie na Locke’a spadła rola opiekowania się arsenałem. Po przybyciu rozbitków z tylnej części samolotu znalazł wspólny język z Mr. Eko. To on dał mu brakujący fragment taśmy filmowej. Pewnego dnia Michael ogłuszył Johna i wziął broń. Na jego poszukiwania oprócz Locke’a wyruszyli Jack, Sawyer oraz bez ich wiedzy Kate. Podczas poszukiwań spotkali Innych, którzy powiedzieli, że to oni pozwalają im żyć i wyznaczyli nieprzekraczalną dla rozbitków granicę.
John Locke jest postrzegany dwojako. Z jednej strony jest bardzo przydatny, dobrze zna się na broni i tropieniu śladów, zawsze chętnie wszystkim pomaga, np. Claire, przy opiece nad Aaronem. Z drugiej strony jest jednak obwiniany za śmierć Boone’a.