W 1600 imiennie odnotowany został sołtys wsi Fabian Kierstyn. Pierwszy drewniany kościół pod wyzwaniem św. Jana Chrzciciela wzniesiono tu w 1660. Poświęcił go w tym roku biskup poznański Wojciech Tolibowski. Kolejną świątynię wybudowano na miejscu poprzedniej w 1867.
W wyniku I rozbioru Polski Popowo wraz z całą Wielkopolską znalazło się w zaborze pruskim przechodząc pod panowanie Królestwa Prus. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość zaliczano do większych wsi ówczesnego pruskiego powiatu Międzyrzecz w rejencji poznańskiej. Popowo należało do okręgu starodworskiego tego powiatu i stanowiło część majątku Stary Dworek, którego właścicielem był wówczas rząd pruski, który znacjonalizował majętności klasztorne po rozbiorach. Według spisu urzędowego z 1837 r. wieś liczyła 229 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 27 dymów (domostw). Wzmiankowana była wówczas także osada leśna Popowo (1 dom, 7 osób) – obecnie Popowo-Leśniczówka.