W wyniku napaści ZSRR na Polskę we wrześniu 1939 wieś znalazła się pod okupacją sowiecką. W październiku 1939 roku weszła w skład Zachodniej Białorusi – a 2 listopada została włączona do Białoruskiej SRR. 4 grudnia 1939 włączona do nowo utworzonego obwodu białostockiego. Wojska sowieckie stacjonowały w lesie, a dokładniej w miejscu nazywanym „płoszczadką". Możliwe, że chodzi tutaj o las Płaszczatka. Ludność Rostek w pewnym momencie została wysiedlona przez Rosjan do Mieczek. Po czasie około 2 miesięcy mieszkańcy powrócili do Rostek. Rosyjskie oddziały zostały w 1941 r. wyparte przez wojska niemieckie. Ludność Rostek początkowo bardzo cieszyła się z faktu przepędzenia Rosjan. Wkrótce okazało się, że byli w błędzie, gdyż Niemcy wcale nie traktowali ich lepiej niż Rosjanie. W czasie II wojny światowej, we wsi działał tzw. system ostrzegania. Dzieci bawiące się przy krzyżach miejscowości miały na celu przekazywać informacje o zbliżających się żołnierzach niemieckich. W Rostkach miejsce miały także niemieckie obławy mające na celu poszukiwanie Żydów. W czasie okupacji w Rostkach istniała partyzantka. Powstała ona już za czasów radzieckich, kiedy to ludzie zaczęli się ukrywać.