Żonaty najpierw z Judytą z domu Wintgens, a po jej śmierci z Henriettą Holst. Miał czterech synów i córkę. Jeden z synów, Henry Weyer (Wierus), był lekarzem, który podczas swej praktyki, podobnie jak ojciec, badał przypadki masowych opętań, w tym sprawę opętania mniszek z konwentu nazaretanek w Kolonii w 1565 rokuRossell Hope Robbins, Encyklopedia czarów i demonologii, Warszawa 1998, s. 228.Kurt Baschwitz twierdzi, że sprawę tego opętania badał sam Jan Wier. Por.: Kurt Baschwitz Czarownice. Dzieje procesów o czary, Warszawa 1971, s. 119..
Poglądy Jan Wier, podobnie jak Reginald Scot, czy Friedrich Spee, zaliczany jest do najbardziej znanych przeciwników prześladowań czarownicMałgorzata Pilaszek, Procesy o czary w Polsce w wiekach XV-XVIII, Kraków 2008, s. 18.. Swoje tezy wyłożył m.in. w traktacie pt. De praestigiis daemonum, który wydany został w Bazylei w 1563 r. i zyskał wielki rozgłos. Praca ta wymierzona była bezpośrednio przeciwko opublikowanemu po raz pierwszy w 1487 roku Młotowi na czarownice.