Kolejną wersją Huntera był Hunter F.5 napędzany silnikiem Sapphire 101. Łącznie zbudowano 105 maszyn tego typu dla RAF-u i chociaż charakteryzowały się one lepszymi osiągami, niż poprzednia wersja – F.4, to zrezygnowano ze stosowania tej jednostki napędowej. Prawdopodobnym powodem takiej decyzji było zastosowanie silników Avon w bombowcu Canberra i chęć ujednolicenia używanych w samolotach RAF-u silników, co pozwoliłoby na redukcję kosztów ich utrzymania.
Mimo znacznie lepszych parametrów maszyn w wersjach F.4 i F.5, nadal nie były one wolne od pewnych niedostatków konstrukcji; najsłabszą ich stroną był silnik Rolls-Royce’a. W celu usunięcia wad jednostki napędowej opracowano nową serię silników Avon 200 wyposażonych w 15-stopniową sprężarkę. Avon 200 zapewniał o 30% większy ciąg niż poprzedni silnik, ale był tak samo jak on bardzo wrażliwy na uszkodzenia. Dalsze prace nad ulepszeniem silnika doprowadziły do powstania jednostki napędowej RA.28 Avon 203 wyposażonej w nowe systemy paliwowy i sterowania i dającej ciąg 44,5 kN. Samolot wyposażony w nowy silnik został oblatany 22 stycznia 1954 roku i oznaczony jako Hunter F.6. Znaczne zwiększenie mocy silnika spowodowało powstanie problemów ze stabilnością maszyny, co z kolei pociągnęło za sobą konieczność zastosowania nowego rodzaju skrzydeł.