Gubernator jest wybierany przez ludność obwodu w wyborach powszechnych, a jego kadencja trwa 5 lat.
Naczelnicy obwodu: Kadencja Gubernator listopad 1991 – październik 1993 Witalij Mucha październik 1993 – grudzień 1995 Iwan Indinok grudzień 1995 – grudzień 1999 Witalij Mucha grudzień 1999 – grudzień 2003 Wiktor Tołokonski grudzień 2003 – lipiec 2007 Wiktor Tołokonski lipiec 2007 – wrzesień 2010 Wiktor Tołokonski wrzesień 2010 – marzec 2014 Wasilij Jurczenko marzec 2014 – październik 2017 Władimir Gorodiecki od października 2017 Andriej Trawnikow
Podział administracyjny Pod względem administracyjnym obwód nowosybirski podzielony jest na 30 rejonów. Największe miasta regionu nie wchodzą w skład tego podziału i mają status miast wydzielonych na prawach rejonu.