13 września 1939 roku, wraz z wkroczeniem do osady wojsk niemieckich, rozpoczyna się bolesny okres dla Siennicy. Pierwszego dnia okupacji, oddział SS stłoczył wszystkich mieszkańców w poklasztornym kościele, a miasteczko podpalił (spalono ok. 80% zabudowań). Mimo takiego pokazu siły, okupantowi nie udało się złamać ducha walki mieszkańców. Przez cały okres trwania okupacji na terenie Siennicy działały AK i BCh. W 1942 roku Niemcy wywieźli do obozów, około 700 mieszkańców pochodzenia żydowskiego. 30 sierpnia do Siennicy wkraczają oddziały Armii Czerwonej, w trakcie walk spłonął kościół poklasztorny.
W 2009 do wsi została dołączona Stara Wieś.
Kalendarium XV wiek – pierwsze wzmianki o wsi (Szenica) 1526 – księżna Anna lokowała miasto Janów na terenie wsi Siennica 1528 – powołanie parafii w Siennicy 1564 – w spisie wykazano powrót miejscowości do starej nazwy 1577 – na miejscu poprzedniego kościoła wybudowano nowy z bali modrzewiowych 1693–1698 – budowa nowego kościoła 1749–1760 – budowa klasztoru i kościoła pod wezwaniem NMP, fundator Kazimierz Rudziński 1864 – kasacja klasztoru 1866 – początek działania seminarium nauczycielskiego 1869 – utrata praw miejskich 13 września 1939 – wkroczenie wojsk niemieckich, spalenie Siennicy 18 października 1942 – wywiezienie do getta w Mrozach ok.