Kościół budowano w latach 1763–1765, a jego konsekracji dokonał 19 października 1766 roku sufragan krakowski Franciszek Podkański.
Po zaborach, w 1769 roku wojska austriackie obsadziły stanowisko starosty spiskiego. Rząd austriacki dążył do zerwania więzi z Polską mieszkańców zagarniętych terenów, które nazwał Galicją. Nie chciał też, by oddzielona zaborczym kordonem diecezja krakowska kontaktowała się z górną Orawą. Dlatego cesarz Józef II w 1783 roku ustanowił diecezję w Tarnowie, a Spytkowice (razem z 12 innymi parafiami) weszły w skład dekanatu myślenickiego tejże diecezji. Ostatni dziedzic Spytkowic w 1890 roku sprzedał chłopom majątek. W 1893 roku rozpoczęło działalność koło rolnicze, jedno z pierwszych na Podhalu. W 1904 roku w Spytkowicach powstaje Kasa Raiffeisena (Wiejska Kasa Oszczędnosciowo–Pożyczkowa), która do momentu wybuchu I wojny światowej świetnie się rozwijała dochodząc w oszczędnościach do kwoty ½ miliona koron. Staraniem kółka rolniczego została założona w 1910 roku pierwsza na Podhalu spółdzielnia mleczarska, która znacznie wpłynęła na rozwój miejscowości i dochody tutejszej ludności.
Okolice Spytkowic w XIX stuleciu należały do monarchii habsburskiej (Cesarstwo Austrii, następnie Austro-Węgry).