W drugi dzień Świąt Wielkanocnych, tj. 7 kwietnia 1890, pożar zniszczył drewniany kościół w Stobiernej. Nowy kościół w Stobiernej usytuowany został na wzgórzu w centralnym punkcie wsi, na miejscy starej, drewnianej świątyni. Nie jest znany architekt, który zaprojektował ten kościół. Zbudowany został w latach 1890–1891, w stylu neogotyckim, z czerwonej palonej cegły. Kubatura budynku wynosi 6499 m². W październiku 1894 r. na Wystawie Lwowskiej zakupiono organy wykonane przez J. Grocholskiego.
W 1922 r. sprowadzono do parafii dwa dzwony, zakupione z fabryki Karola Schwabego z Białej. Większy dzwon o wadze 190 kg otrzymał imię Jan Chrzciciel. Drugi dzwon – mniejszy, o wadze 135 kg, został nazwany imieniem Maria i Weronika.
W czasie II wojny światowej kościół został nieznacznie uszkodzony, ale szybko został naprawiony. W końcu lat 40. XX w. założono w kościele instalację elektryczną, zaś w 1963 r. dach pokryto blachą ocynkowaną. W 1978 r. pod nadzorem Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Rzeszowie dokonano renowacji polichromii. Odnowiona została wówczas nawa przez Zygmunta Stopyrę i prezbiterium przez Marka Wąsacza. Zakupiono organy, poprawiono również chór. Położona została kamienna posadzka. W 1992 r. wykonano zewnętrzną elewację kościoła. Począwszy od 1994 r., z inicjatywy ks.