Największymi jeziorami są Sienież (powierzchnia do 15,4 km²) i Swiatoje (do 12,6 km²).
Gleby Na terenie obwodu moskiewskiego przeważają mało urodzajne gleby darniowo-bielicowe. Na wyżynach występują iły, a w dolinach częste są gleby bagienne i aluwialne. Na południe od Oki spotyka się czasem urodzajne czarnoziemy, stanowią one jednak tylko niewielki procent ogółu powierzchni regionu. Na południe od Moskwy dużą część powierzchni pokrywają też leśne szaroziemy.
Roślinność thumb|Krajobraz regionu Obwód moskiewski leży na terenach, gdzie strefa lasów przechodzi w strefę lasostepów. Lasy zajmują ok. 40% powierzchni regionu. Na północy i zachodzie obwodu dominującą formacją roślinną są lasy południowej tajgi, złożone głównie ze świerków. Na Nizinie Mieszczorskiej dominującym gatunkiem jest sosna, a na obszarach podmokłych przeważają olchy. Środkowe i częściowo wschodnie rejony obwodu porastają lasy mieszane, złożone ze świerków, sosen, brzóz i osik, a także m.in. leszczyn. Bardziej na południe rosną lasy liściaste, w których przeważają dęby, lipy, klony i wiązy.