Według własnej relacji zaangażował się politycznie pod wpływem Radia Wolna Europa. We wrześniu 1980 brał udział w wiecu, na którym powstało Niezależne Zrzeszenie Studentów. W listopadzie tego samego roku został jego przewodniczącym na UJ, wchodził też w skład Krajowej Komisji Koordynacyjnej NZS. Po wprowadzeniu stanu wojennego został zatrzymany 21 stycznia 1982, następnie był internowany do 2 lipca 1982. Pracował zarobkowo w wydawnictwach drugiego obiegu. W 1985 przystąpił do Ruchu Wolność i Pokój, organizacji o charakterze antykomunistycznym i pacyfistycznym. W maju 1986 został ponownie zatrzymany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa. Podczas tej czynności pobrano mu siłą odciski palców oraz dopuszczono się istotnych uchybień formalnych. Jan Rokita wytoczył następnie proces przeciwko SB o bezprawne pozbawienie wolności. Uzyskał później zadośćuczynienie od państwa polskiego w wysokości 25 tys. zł, które przekazał na cele współzałożonego przez siebie Stowarzyszenia Siemacha.
W 1988 założył z trzema znajomymi spółkę prawniczą. W grudniu tego samego roku został członkiem Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie.