We wrześniu 2003 liczne komentarze wzbudziło jego sejmowe przemówienie, w którym nawoływał rząd Leszka Millera do twardego obstawania przy systemie podejmowania decyzji w Unii ustalonym traktatem nicejskim. W trakcie parlamentarnej debaty wykorzystał sformułowanie Nicea albo śmierć. W 2004 udzielił Michałowi Karnowskiemu i Piotrowi Zarembie wywiadu rzeki, który ukazał się w postaci książki Alfabet Rokity.
Działalność polityczna w latach 2005–2007 W wyborach parlamentarnych we wrześniu 2005 uzyskał 72 145 głosów, po raz szósty z rzędu uzyskując mandat. Na plakatach wyborczych reklamował się jako „premier z Krakowa” – był kandydatem swojej partii na urząd premiera.
W wyborach samorządowych w 2006 kandydat Platformy Obywatelskiej na urząd prezydenta Krakowa poseł Tomasz Szczypiński zajął 3. miejsce. Wyprzedzili go kandydat Prawa i Sprawiedliwości Ryszard Terlecki oraz ubiegający się o reelekcję Jacek Majchrowski. W listopadzie tego samego roku grupa krakowskich parlamentarzystów PO (w tym Jan Rokita) postanowiła poprzeć Ryszarda Terleckiego w drugiej turze. Sam Jan Rokita bez zgody władz partii, która nie poparła oficjalnie żadnego z konkurentów, wystąpił w spocie wyborczym kandydata PiS na tle symboli partyjnych PO.