Po kolonizacji portugalskiej przyszła kolej na Holendrów i Brytyjczyków. Ci ostatni prowadzili intensywną działalność misyjną, nie ingerując jednak w tradycje malabarskie. Mimo to doszło do kolejnych podziałów w łonie tego Kościoła m.in. na martomitów (reformowanych) czy syromalankarów (katolików). Wielu z dawnych wyznawców Kościoła malabarskiego zasiliło szeregi Kościoła katolickiego obrządku rzymskiego bądź Kościoła anglikańskiego.
Od XVII do XX wieku chrześcijanie św. Tomasza ulegali kolejnym podziałom, przyjmując w zależności od grupy, do której się przyłączali separatyści, katolicyzm, monofizytyzm, nestorianizm, anglikanizm bądź ewangelicyzm. Aktualnie największą grupę stanowią wśród nich wierni katolickiego Kościoła Syro-Malabarskiego.
Pochodzenie współczesnych Kościołów od wspólnoty św. Tomasza
Współczesne Kościoły św. Tomasza Nazwa Wyznanie Ryt Liturgia Zwierzchnik Liczebność Asyryjski Kościół Wschodu w Indiach przedefeskie chaldejski malabarska Aprem Mooken 30 tys.