5 listopada 1945 w Łodzi został aresztowany. Zawierzywszy gwarancjom śledczych Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego o nierepresjonowaniu, ujawnił wszystkich swoich współpracowników i nawoływał do ujawnienia się pozostałych członków WiN-u. Było to powodem kolejnej fali aresztowań przez UB żołnierzy i działaczy podziemia niepodległościowego. Wydał cały majątek, który pozostał mu w spadku po AK – milion dolarów w złocie i banknotach, drukarnie, archiwa, radiostacje. W toczącym się przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie od 4 stycznia do 3 lutego 1947 procesie pokazowym I Zarządu WiN skazany został na karę 8 lat pozbawienia wolności. Innymi oprócz Rzepeckiego oskarżonymi byli: Marian Gołębiewski, Jan Szczurek-Cergowski, Antoni Sanojca, Tadeusz Jachimek, Henryk Żuk, Kazimierz Leski, Józef Rybicki, Ludwik Muzyczka i Emilia Malessa. 5 lutego 1947 został ułaskawiony przez prezydenta RP, Bolesława Bieruta. Po wyjściu z więzienia przyjęty do ludowego Wojska Polskiego. Został mianowany wicedyrektorem Wojskowego Instytutu Naukowo-Wydawniczego, a następnie szefem Wydziału Studiów w Akademii Sztabu Generalnego. 22 kwietnia 1947 wygłosił odczyt pt. „Wyjdź z podziemia – buduj Polskę”, którego tekst opublikowano następnie w kilku pismach. 16 stycznia 1949 ponownie aresztowany.