W 1577 wojska królewskie Stefana Batorego, które obsadziły Biskupią Górkę w dniu 13 czerwca, zbudowały szaniec, na którym stanęły działa skierowane przeciwko Gdańskowi; nie odegrały one jednak większej roli, gdyż były za słabe, by zagrozić miastu.
Wieś duchowna, należąca do biskupstwa włocławskiego położona była w drugiej połowie XVI wieku w powiecie gdańskim województwa pomorskiegoMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w. : rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 91..
Biskupia Górka w systemie fortyfikacji Gdańska Aby uniknąć takich sytuacji w przyszłości, władze Gdańska zdecydowały się włączyć wzgórze w system miejskich fortyfikacji. Jednocześnie aż do II rozbioru Polski stanowiło ono własność biskupów włocławskich, i z tego powodu wznoszone tu umocnienia nigdy nie były tak mocne i trwałe, jak te na terenie należącym do miasta. W latach 1626–1630 powstał na Biskupiej Górce szaniec, w 1634 wzmocniony palisadą i poszerzony. Było to tzw. dzieło koronowe, czyli zespół trzech ziemnych bastionów: Zbawiciela (niem. Bastion Salvator – nazwa od pobliskiego kościoła na Zaroślaku), Pośredni (niem. Bastion Mittel) i Ostroróg (niem. Bastion Scharfenort). Od północnego wschodu dzieło koronowe zostało dodatkowo osłonięte małym Bastionem Vigilance.