był Staniša „Stanko” Crnojević, który od momentu przejściu na islam zwany był jako Skenderbeg Crnojević. Następnie miasto stało się częścią teokratycznego księstwa biskupiego Czarnogóry, rządzonego przez tzw. władyków Czarnogóry, nad którym Imperium osmańskie nie umiało zapanować. Cetynia przez dwa stulecia była w stagnacji, często atakowana zarówno przez Turków, ale także przez Wenecjan. W czasie tych ataków dawny dwór Crnojeviciów oraz monaster zostały zburzone.
Miasto odzyskało swój status i częściowo odbudowano począwszy od 1697 roku, gdy władyką Czarnogóry został Daniel I, założyciel dynastii Petrowiciów-Niegoszów. Jednak uwikłanie w walki klanowe oraz walki narodowowyzwoleńcze jego następców, nie przyniosły miastu rozkwitu. Aż do początku XIX wieku Cetynia, poza monasterem i cerkwią, składała się z kilkudziesięciu chat z nieociosanego kamienia pokrytych strzechą. Dopiero gdy w 1830 r. władzę objął Piotr II Petrowić-Niegosz, nastąpiła rozbudowa i urbanizacja Cetynii. Wówczas, w 1838 r. zbudowano nową siedzibę władyków Czarnogóry – pałac zwany Bilardówka.