Burze dziejowe przetrwały trzy świątynie gotyckie, których geneza sięga czasów staropolskich. Najstarszym i najokazalszym z nich jest katedra św. Marcina i Mikołaja (1466), a ponadto kościół pobernardyński (1552) i kościół klarysek (1615).
Szeroko reprezentowany wśród świątyń bydgoskich jest styl neogotyku. Dotyczy on świątyń ewangelickich, wznoszonych w XIX i na początku XX wieku, przekształconych po 1945 r. w kościoły katolickie. Na początku XX wieku i w dwudziestoleciu międzywojennym wzniesiono ponadto pięć świątyń katolickich w stylu neobaroku. Dwie wśród nich reprezentują styl baroku klasycyzującego o skromniejszej formie zewnętrznej. Poza tym wiele kościołów bydgoskich posiada neobarokowe wnętrza przy zachowaniu neogotyckiej formy zewnętrznej.
Po 1975 r. powstało w Bydgoszczy kilkadziesiąt świątyń katolickich. Niektóre z nich wyróżniają się monumentalną formą oraz wystrojem. Wśród protestanckich świątyń znajdujących się w Bydgoszczy należą, m.in. zabytkowe: Kościół Ewangelicko-Metodystyczny, Kościół Zbawiciela współczesne: Kościół Zielonoświątkowy