Po wybuchu II wojny światowej, 2 września 1939 Szyszko-Bohusz wziął udział w naradzie dotyczącej sposobu ratowania wawelskich zbiorów. Wobec braku połączenia telefonicznego z Warszawą, gdzie znajdował się przygotowany kilka miesięcy wcześniej plan ewakuacji dla Wawelu, sprzeciwił się on stanowczo wywiezieniu skarbów z Krakowa, argumentując, że ewakuacja narazi je na pełną niebezpieczeństw wędrówkę bombardowanymi i zatłoczonymi drogami lub liniami kolejowymi. Ostatecznie zmienił jednak zdanie pod wpływem argumentacji przedstawionej przez kustosza muzeum dr. Stanisława Świerz-Zaleskiego i kierownika administracji zamku dr. Stanisława Taszakowskiego.
W czasie wojny pracował za zgodą władz podziemnych jako rysownik w prywatnym biurze niemieckim na Wawelu i działał w tajnym Komitecie Wawelskim. W 1945 r. powrócił na przedwojenne stanowisko na Wawelu, piastując je do 1946 r. W 1945 r. uczestniczył również w organizowaniu Wydziału Architektury na AGH zostając jego pierwszym dziekanem.
Publikował w „Architekcie” i „Głosie Plastyków”.
Był żonaty ze Stefanią z Rzepko-Łaskich, miał córkę Sławę (1914–2000).
Zmarł w Krakowie, został pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera LXVIII-wsch-9).
Ulica jego imienia znajduje się w krakowskich Przegorzałach, na terenie których posiadał zaprojektowaną przez siebie willę.