Po zakończeniu II wojny światowej komunistyczne władze PRL odmówiły ponownej rejestracji KSMM poza terenem archidiecezji poznańskiej i krakowskiej oraz KSMŻ na terenie całego kraju. Ostatecznie 7 lutego 1953 zdelegalizowano również KSMM a członków organizacji działających w podziemiu represjonowano. Najdotkliwsze represje dotknęły członków KSMM – Michała Kowalika i Edwarda Chachlicę, których w procesie Kurii Krakowskiej skazano 27 stycznia 1953 na karę śmierci. Wyroki te zamieniono później na dożywocie a skazani opuścili więzienie na mocy amnestii w roku 1956.
Pomimo delegalizacji organizacje kontynuowały swoją podziemną działalność. Spotkania członków organizacji prowadził m.in. ks. kard. Karol Wojtyła – wcześniejszy asystent KSMM w Niegowici, a następnie w parafii św. Floriana w Krakowie.
Reaktywacji związków dokonała 10 października 1990 Konferencja Episkopatu Polski, wydając dekret powołujący do życia KSM jako organizację ogólnopolską i nadając jej osobowość prawną kościelną. 12 lutego 1993 dokonano rejestracji stowarzyszenia KSM nadając mu również osobowość prawną cywilną.
8 października 2005 na Jasnej Górze odbyło się spotkanie oddziałów KSM z całej Polski z okazji 15-lecia reaktywowania stowarzyszenia.