Księżyce zewnętrzne Nix i Hydra 31 października 2005 roku ogłoszono odkrycie dwóch kolejnych niewielkich księżyców Plutona. Zostały one zaobserwowane na zdjęciach wykonanych przez Kosmiczny Teleskop Hubble’a 15 maja i 18 maja 2005. Księżyce otrzymały nazwy Nix i Hydra dla upamiętnienia sondy New Horizons. Okrążają one Plutona w odległości około 48 690 km (Nix) i 64 740 km (Hydra), w tej samej płaszczyźnie co Charon. Obserwowana wielkość gwiazdowa wynosi 23 (czyli jasność około 5000 razy mniejsza niż Plutona). 15 lutego 2006 zespół astronomów pod kierownictwem Hala Weavera oraz Alana Sterna przeprowadził dalsze obserwacje nowo odkrytych księżyców przy użyciu Kosmicznego Teleskopu Hubble’a. Dalsze obserwacje przy użyciu teleskopu Hubble’a zostały przeprowadzone 3 marca.
Obserwacje sondy New Horizons ukazały, że są to nieregularne ciała o wydłużonych kształtach. Hydra mierzy ponad 40 km wzdłuż długiej osi, a Nix ma ponad 50 km długości. Księżyce te, w odróżnieniu od Charona i niemal wszystkich księżyców regularnych planet w Układzie Słonecznym, nie obracają się synchronicznie. Nix obraca się ponad 13 razy na każdy obieg, a Hydra prawie 90 razy na każde okrążenie układu Pluton-Charon.