thumb|Kolejka na stacji Przystań z lokomotywą WLp50 i jednym z oryginalnych wagonów (2008 rok) Kryzys gospodarczy lat 80. XX wieku odbił się niekorzystnie na sytuacji parku. Na trasę kolejki zaczął wyjeżdżać już tylko jeden pociąg, kursujący co godzinę, zamknięto oba przystanki. W 1980 roku spłonął budynek stacji ZOO, a stację Planetarium w 1986 roku zaadaptowano na restaurację. Problemy ekonomiczne również dotykały kolejkę w latach transformacji w Polsce na przełomie wieków. W latach 90. zmieniał się kilkakrotnie operator kolejki. Lokomotywy WLs150 zastąpiono w 1994 roku już tylko jedną, pracującą do 2011 roku nowoczesną lokomotywką WLp50.
Od 2001 roku do zawieszenia działalności 2001–2011 Od 2001 roku operatorem kolejki było CTL Maczki-Bór. W styczniu 2003 roku skradziono 980 metrów szyn koło Planetarium, które jednak przed sezonem operator odbudował. Z kradzieżami drobnych elementów kolej borykała się też w kolejnych latach.