Pilotaż stosowany jest podczas podejść do portów, przy ujściach rzek, podczas przejść wzdłuż wybrzeża, przez kanały i cieśniny. Może być usługą dobrowolną (na wniosek kapitana) lub obowiązkową, jeśli wymagają go przepisy lokalne. W większości portów pilotaż jest obowiązkowy przynajmniej dla większych statków.
Pilotaż polega na udzielaniu pomocy kapitanowi podczas przejścia przez rejon wymagający dobrej znajomości lokalnych warunków. Pilot nie zastępuje kapitana w dowodzeniu statkiem, jedynie udziela mu rad i odpowiada za ewentualne złe konsekwencje zastosowania się do nich. W praktyce na ogół kapitan akceptuje komendy wydawane przez pilota sternikowi i obsłudze siłowni. Kapitan może nie zastosować się do rad pilota, ale wówczas odpowiada za konsekwencje decyzji.
Na ogół piloci morscy dyżurują w stacji brzegowej, skąd są dostarczani na statki przez specjalne kutry pilotowe (pilotówki), rzadziej śmigłowcem. Pilot w celu zaokrętowania musi przeskoczyć z kutra na trap pilotowy statku, co wymaga sprawności i bywa niebezpieczne, zwłaszcza przy większym falowaniu.