Poszczególne koleje działały jako samodzielne przedsiębiorstwa, posiadające własny tabor i organizację samostanowienia. Z czasem, administrację kolei wyodrębniono z przedsiębiorstw kolejowych do specjalnych urzędów – terenowych Dyrekcji Kolei (niem. skrót KED). Od 1895 r. istniały dyrekcje: Altona, Berlin, Breslau (Wrocław), Bromberg (Bydgoszcz), Cassel, Cöln linksrh., Cöln rechtsrh. (Kolonia lewy i prawy brzeg Renu), Danzig (Gdańsk), Elberfeld, Erfurt, Essen, Frankfurt (nad Menem), Halle, Hannover (Hanower), Kattowitz (Katowice), Königsberg (Królewiec), Magdeburg, Münster, Posen (Poznań), Saarbrücken, Stettin (Szczecin). 1 kwietnia 1895 r. połączono dyrekcje Cöln, a 1 kwietnia 1897 r. utworzono dyrekcję Mainz (Moguncja)Herbert Rauter, Günther Scheingraber, Preußen-Report. Band 2: Die Schnellzuglokomotiven der Gattung S 1 – S 11. Hermann Merker Verlag 1991, , s. 5, 32..
Od 1912 r. rozpoczęto elektryfikację ważniejszych szlaków systemem 15 kV 16,7 Hz.
Pod koniec I wojny światowej koleje państwowe w Prusach osiągnęły łączną długość prawie 37 500 kilometrów.