Na początku 1985 Doe zapobiegł próbie obalenia swojej dyktatury. W październiku tego roku przeprowadził wolne wybory, w trakcie których miał miejsce terror i liczne nadużycia, co nie przeszkodziło komisji wyborczej zatwierdzić ich ważność oraz uznać Doe za zwycięzcę z 51% głosów poparcia. Miesiąc później – 12 listopada – dawny dowódca armii generał Thomas Quiwonkpa bezskutecznie usiłował obalić Doe na drodze przewrotu, przez co wierne dyktatorowi wojska dokonały serii masowych gwałtów i wypraw łupieżczych. Rządy Doe w dalszych latach przynosiły pogorszenie sytuacji w kraju, w którym coraz częściej dochodziło do masowego łamania praw człowieka. Rząd byłego sierżanta był ponadto oskarżany o zawłaszczenie miliona dolarów, które Liberia zyskała od Stanów Zjednoczonych w ramach pomocy humanitarnej.
Pod koniec lat 80. doszło do rozłamu na wyższych szczeblach władzy w Liberii, czego kulminacją były działania zbrojne opozycji, która doprowadziła do wywołania w kraju wojny domowej. W 1989 roku większość kraju została opanowana przez grupy rebeliantów z Narodowo-Patriotycznego Frontu Liberii, którymi kierował Charles Taylor. Taylor, dawny zaufany minister Doe, uszedł niegdyś z kraju, gdy dyktator oskarżył go o sprzeniewierzenia finansowe.