W 1964 roku założył wraz z Rene Urtregerem kwartet jazzowy, który odniósł sukces na festiwalu w Antibes. To pozwoliło mu na pracę z wieloma znakomitymi muzykami. W 1966 roku nagrał wraz ze Stuffem Smithem, Stéphane'em Grappellim i Svendem Asmussenem (Violin Summit) płytę koncertową. Rok później Ponty zagrał na Monterey Jazz Festival. Po tym koncercie podpisał kontrakt z wytwórnią World Pacific. Na przełomie lat 60. i 70. skierował twórczość w stronę awangardy, nagrywając solowe płyty (np. Electric Connection), czy współpracując z Frankiem Zappą i jego The Mothers of Invention. W 1974 dołączył do nowo sformowanego składu Mahavishnu Orchestra, prowadzonego przez Johna McLaughlina, uczestnicząc w nagrywaniu 2 albumów (Apocalypse oraz Visions of the Emerald Beyond), jednak już rok później rozpoczął samodzielną karierę, nagrywając niemal co roku solowe płyty jazzrockowe. Na jego albumach pojawiają się takie gwiazdy jak Allan Holdsworth, Daryl Stuermer, Scott Henderson.