W 1990, na planie filmu Szybki jak błyskawica (Cole Trickle), poznał Nicole Kidman, z którą się ożenił 24 grudnia 1990. Adoptowali dwoje dzieci: w styczniu 1993 Isabellę Jane (ur. 22 grudnia 1992) i w lutym 1995 Connora Antony’ego (ur. 17 stycznia 1995). 8 sierpnia 2001 rozwiedli się.
Po związkach z poznaną na planie filmu Vanilla Sky (2001) aktorką Penélope Cruz (2001–2004) i Nazanin Boniadi oświadczył się w 2005 aktorce Katie Holmes, z którą ma córkę Suri (ur. 18 kwietnia 2006 w Los Angeles). Pobrali się 18 listopada 2006 w średniowiecznym zamku warownym Odescalchi w Bracciano. 28 czerwca 2012 Holmes złożyła pozew o rozwód, żądając wyłącznej opieki nad Suri.
W latach dziewięćdziesiątych zainteresował się scjentologią i z czasem został aktywnym członkiem organizacji scjentologów, co doprowadziło do licznych kontrowersji wokół jego osoby. Przyznaje, że przyjaźni się z Davidem Miscavigem, liderem scjentologii. Od 2008 roku unika pytań o scjentologię w wywiadach.
Filmy i zarobki thumb|Cruise (1989) thumb|Cruise (2008) thumb|Cruise i K.