W 1991 na Akademii Górniczo-Hutniczej został powołany na stanowisko profesora zwyczajnego.

Został również wykładowcą innych krakowskich uczelni – jako prowadzący wykłady i seminaria magisterskie na Uniwersytecie Ekonomicznym, wykładowca WSP i AWF. Prowadził także różne zajęcia na Uniwersytecie Jagiellońskim i Akademii Sztuk Pięknych. Był również zapraszany z gościnnymi wykładami i seminariami do Politechniki Krakowskiej. Okresowo pracował w Akademii Medycznej w Krakowie jako profesor i kierownik Zakładu Biocybernetyki oraz Zakładu Biostatystyki i Informatyki Medycznej.

W 1996 objął stanowisko prorektora AGH ds. nauki. W 1998 został wybrany na stanowisko rektora tej uczelni. Reelekcję uzyskiwał w 1999 i w 2002, urzędowanie zakończył w 2005. Był w tym czasie m.in. członkiem prezydium Konferencji Rektorów Autonomicznych Szkół Polskich i przewodniczącym Konferencji Rektorów Polskich Uczelni Technicznych.

Promotor licznych rozpraw doktorskich (76 do października 2016), recenzent ponad 600 wniosków awansowych (rozpraw doktorskich, wniosków habilitacyjnych i wniosków profesorskich). Członek rzeczywisty Polskiej Akademii Nauk oraz członek korespondent Polskiej Akademii Umiejętności.