Wśród wad najczęściej wymieniano wysoki poziom trudności. Recenzent z pisma „PC Zone” nazwał ją „idealną grą dla cierpiących na bezsenność”. Rafael Stark z hiszpańskiego portalu MeriStation skrytykował też ubogie udźwiękowienie oraz powtarzalną muzykę. Porównując rodzimą produkcję z turową grą taktyczną Jagged Alliance, stwierdził: „Commandos jest lepszy we wszystkim, z wyjątkiem dźwięku”. Z rozczarowaniem przyjęto także tryb gry wieloosobowej. Ponadto Peter Olafson z pisma „GamePro” zwrócił uwagę na zbyt niski zakres umiejętności komandosów, z których tylko jeden potrafi rzucać granatami czy też płynąć łódką. Ponadto Steve Owen zwrócił uwagę na to, że żołnierze strzelają jedynie w pozycji stojącej, co wystawia ich na widok nieprzyjaciela.
W Niemczech gra Commandos: Za linią wroga ze względu na występowanie symbolu swastyki trafiła 24 czerwca 1999 na indeks BPjM i w wersji niemieckiej została ocenzurowana. Otrzymała zarazem w 1999 roku dwie nagrody: Złotą i Platynową, przyznane przez organizację VUD (Verband der Unterhaltungssoftware Deutschland) za sprzedaż powyżej 200 tysięcy egzemplarzy w Niemczech, Austrii i Szwajcarii.